1948年秋季的武漢。陳安穿過站臺上紛亂的人群，匆匆登上開往上海的列車。車廂里，乘務員阿冬與陳安用暗語順利接頭。阿冬告訴陳安，他負責陳安此行安全，如果有危險，他會敲門三下示警。看著機警干練的阿冬，陳安放下心來，臨行前黨組織交待任務時的情景浮現在眼前。
此時解放戰爭進入最后階段，中共已決定召開新政協，為成立新中國奠基。陳安此去上海，為的是協助上海地下黨負責人之一的303完成爭取著名法學家儲漢君和國民黨陸軍高等指揮學校校長徐杰生北上參加新政協的任務。距新政協預定的會期還有99天，黨組織要求陳安協助303克服萬難，一定要完成這項艱巨的任務……上海站前廣場。
儲漢君在送鄭乾坤等民主黨派代表赴解放區與中共進行促進 第三次國共合作事宜商談，大批記者簇擁提問，報社小王亦在其中。人群中的肖昆看見從黃包車上下來的賈程程，趕緊擠出人群。賈程程告之，武漢來電，內容是：已派陳安赴上海協助工作，陳安隨身帶來一份非常重要的秘密文件一定要親手交給303，務必要確保陳安的安全。
這時，有個挎著籃子看似賣早點的男人突然從籃子里拿出一顆手榴彈趁人不備扔在地上，匆匆跑了，待人發現手榴彈冒著的青煙驚叫著躲閃時，手榴彈爆炸了，不遠處的肖昆和賈程程都被手榴彈的沖擊波震得摔倒。國民黨保護儲漢君的士兵立即擁住儲漢君等人，現場一片紛亂，進站口特別通道打開，鄭乾坤匆匆與儲漢君告別，儲漢君被護衛著上了轎車，車匆匆開走。
肖昆知道，這是國民黨有意制造的混亂，目的是陷害共產黨。肖昆指示賈程程馬上給武漢發報，他向黨組織保證一定完成任務，他將親自去車站接陳安。南京。國民黨總裁特派員廖云山臉色陰沉地站在收報員身邊，收報員在接收密電。
賈程程的回電立即落到國民黨特務手中。肖昆的話原封不動地呈現在廖云山眼前，當看到303將親自去火車站接陳安時，廖云山長長出了口氣，露出了冷笑。這時丁副官把廖云山的學生、剛從德國學成歸來的肖鵬帶到廖云山面前。
大門關上，廖云山與肖鵬密談。廖云山向肖鵬交待任務，一，阻止中共爭取民主人士北上的行動。二，一定要抓到303。這個303是身負盛名的上海地下黨負責人，已成功爭取幾位著名民主人士北上，并幾次在圍捕中化險為夷成功脫逃，非常的機敏。
廖云山對肖鵬寄予厚望，把這兩個任務交給肖鵬。為了確保萬無一失，廖云山命肖鵬嚴密封鎖這個情報，不準向任何人透露風聲。廖云山對自己的栽培和重用令肖鵬十分感動，肖鵬向廖云山保證一定不辱使命。同時廖云山決定乘坐陳安所乘的列車赴上海。
肖鵬立即布置了嚴密的抓捕計劃，一張捕捉303的大網從天而降。此時的肖昆和賈程程對此一無所知。在肖鵬布置抓捕任務的同時，肖昆也在向賈程程布置接站任務。為了避免可能發生的危險，肖昆把詳細查看之后畫的路線圖一一向賈程程交待。
然而，肖昆考慮到的所有因素，也正是肖鵬布控的重點。一場國共雙方的短兵相接即將開始！火車在高速奔馳著。阿冬把飯送進來，告訴陳安一切順利。由于心里高興，陳安忍不住告訴阿冬，這次去上海他就要見到當年兩家老人指腹為婚的未婚妻了。
儲漢君家，整個宅子包裹在重孝的凄涼里。剛走到客廳前的肖昆差點被飛出的相框砸到，肖昆撿起來，是陳安的照片，接著儲蘭云氣鼓鼓地從屋里沖出跑了。儲漢君告訴肖昆，未來女婿陳安從英國學成，不日抵達上海，來參加儲夫人喪禮。
然而女兒儲蘭云卻不喜歡這個從未謀面的陳安。肖昆安慰了儲漢君。對上午手榴彈的事，儲漢君沒有發表看法，卻對時局憂心忡忡。上海火車站，表面上風平浪靜的車站潛藏著隱隱欲動的危機，特務們已經不動聲色地提前上崗了，整個火車站的每一個進出口都有暗哨密布，像鐵桶一樣密不透風，等待著303踏入圈套。
按照肖昆的指示，賈程程獨自來查看車站的情況，年輕缺乏經驗的她并沒看出有什么異常。在車站留言欄上，她撕下一張交通員貼的暗語，看過之后匆匆向肖昆的店鋪趕去。肖昆的公開身份是商行的老板。多年的地下斗爭使他鍛煉出堅韌不拔、膽大心細的性格特點。
在上海灘，肖老板是社交界的名流，和諸多上層人物有著親密的關系。就在賈程程趕來的同時，肖昆正在接待一個聲名顯赫的人物：曾經的抗日名將、國民黨陸軍高等指揮學校校長徐杰生。肖昆把一張大氈布拉開，露出了藥品。徐杰生看著藥品，內心非常矛盾，臉上卻毫無表情，轉身走出庫房。
肖昆趕緊把藥品蓋上。徐杰生的副官何三順對徐說：這些藥是他經營藥品生意的堂兄很不容易搞到的，肖老板花了大價錢買下，是治療您老家流行性疫病的特效藥啊。您老母親……見徐不說話，他又憂心忡忡地說：發送這些藥品一旦被查出來，也是掉腦袋的事兒。
肖昆跟出庫房，平靜地說：我是在知道了徐校長的嫂子和小侄子已經死于疫病時才下決心買的。肖昆又說，一切聽從徐校長的決定。如果徐校長決定不發貨，我馬上銷毀。徐杰生一言不發走出大院。看著肖昆，何三順說：雖然這兩年和肖老板合作愉快，但此事非比尋常。
他一再問肖昆有多大把握不會出事。肖昆說車站站長是他的股東，站長的外甥女在他的公司里工作，應該說萬無一失。何三順猶豫了一下告訴肖昆，南京特派員廖云山明天到上海，這個人是徐校長的死對頭。這種情況下，校長恐怕不會同意簽特別通行證發這批貨。
肖昆平靜地再次表示一切聽從徐校長決定，損失他獨自承擔。徐杰生走后賈程程趕緊把撕下的暗語交給肖昆，組織上要求他們想盡一切辦法把這批藥品運送到解放區。一邊是藥，一邊是上級派來的同志，肖昆心里暗暗焦急。入夜，肖昆坐在店里，期待何三順會出現。
夜深了，肖昆知道何三順不會來了。他獨自在院里徘徊，反復琢磨著徐杰生的態度。這時，在南京，廖云山的車隊出發了。火車車廂里，陳安和衣躺在臥鋪上夜不能寐。肖昆來到庫房看那些藥品。掌柜王雙全不安地提醒肖昆，如果貨發不出去，趕緊銷毀，現在夜里經常有搜查，這些東西一旦被查出來，跳進黃河洗不清。
肖昆毫不猶豫地告訴王雙全這些貨留到明天早上他離開店鋪之前。肖昆堅信徐杰生一定會同意發這批貨。火車到達南京站，一輛黑色高級轎車夾在幾輛軍用吉普中間開上站臺。阿冬機警地觀察著這幾輛車的動向。廖云山下來，被一群特務前呼后擁著上了一節包廂。
阿冬心里忐忑不安，但他的注意力全部在廖云山等人的動向上，卻忽略了車廂門口，一個戴著金絲眼鏡看起來很有身份的乘客。這個拎著高級皮箱的乘客就是肖鵬。肖鵬已把阿冬的行動看破，他在阿冬的引領下進了與陳安相隔不遠的包廂。
在阿冬替客人放行李的時候，肖鵬突然出其不意地襲擊了他。阿冬剛要大喊報信，肖鵬一把塞進阿冬嘴里一塊東西，阿冬喊不出，只好與肖鵬搏斗。顯然，阿冬不是對手，肖鵬居高臨下地邊打邊告訴阿冬是怎么暴露了身份，教訓完之后肖鵬一拳把阿冬打昏。
他從阿冬兜里掏出陳安包廂鑰匙走出。肖鵬出了包廂，阿冬才搖搖晃晃站起來。睡著的陳安被冰冷的槍口驚醒，他猛地坐起來，一眼看見出現在肖鵬身后的阿冬，阿冬舉起手中匕首狠狠向肖鵬刺來，然而肖鵬像是后背長了眼睛，一側身躲過，此時火車咣當剎了下車，肖鵬一把扶住鋪板，阿冬趁機拽起陳安沖出車廂，與丁副官帶的特務遭遇，搏斗中阿冬奪過了丁副官的槍，打死一個特務趕緊拽著陳安向另一個方向跑去，阿冬熟練地三下五除二打開緊急門，正要拽著陳安跳車，另一側的特務趕到，槍響了，阿冬倒下之前拼盡最后一絲氣力用自己的身體頂開緊急門說：快跳車！
車外奔馳的田野出現在陳安眼前，特務們的槍口也逼近了。看著陳安萬分驚懼的目光，肖鵬的手突然抓住特務的槍，不由分說壓下槍口。丁副官大喊：肖鵬！你要干什么？！肖鵬攥著槍口平靜地看著陳安，讓陳安跳車。肖鵬告訴陳安跳下去有兩個結果，一是摔死，一是摔不死，摔得生不如死。
在肖鵬自信平靜的目光里，陳安眼中的驚懼漸漸化為絕望，他軟軟地癱在阿冬的尸體旁。肖鵬一揚下巴，特務馬上沖上去架起陳安走去。肖鵬這才從地上撿起槍遞給丁副官，說這一幕是必須的，因為抓住陳安不是目的，抓住陳安并讓他配合抓捕303才是目的。
而這個目的必須用最短的時間達到。丁副官不服氣地說，肖鵬是僥幸，如果陳安跳下去，他們就竹籃打水一場空了。肖鵬笑了，他從上兜里夾出一張紙扔給余副官，說這是他上車之前找到的陳安的資料。陳安有恐高癥。丁副官不解地看著肖鵬，肖鵬說你記住了，只有什么都不怕的人才不怕死。
如果一個人不怕死，你抓住他也沒用。看著阿冬的尸體，肖鵬責備特務不該打死阿冬。肖鵬認定阿冬的死會妨礙抓捕303。陳安癱軟在廖云山面前，他交代出此行任務是協助303做爭取儲漢君北上的工作，但對303的情況一無所知。
廖云山笑著把陳安未交代的關系一一點破：陳家與儲家是世交，陳家曾經有恩于儲家，儲漢君的小女兒儲蘭云是兩家指腹為婚許配給陳安的妻子。儲漢君的妻子剛病故，他是以吊唁的為名前往的。廖云山讓陳安放棄幻想，只有配合他們抓到303，陳安才有活路。
之后肖鵬從陳安箱子的夾層里搜出了陳安攜帶的、要交給303的絕密文件，這是從國民黨內部影印出來的絕密文件，明確指令在共產黨召開新政協會議之前，如對儲漢君等民主黨派領袖爭取不成，便暗殺之。陳安對自己的處境深感絕望，為了茍且偷生，他同意配合廖云山抓捕303。
陳安隱瞞了另一個要爭取的人物徐杰生，為的是給自己留條后路。肖鵬向陳安追查阿冬的任務，陳安也提供不出更多的東西。肖鵬總感覺不踏實，丁副官卻嘲笑肖鵬庸人自擾。盯著陳安，肖鵬一言不發，突然下令搜查阿冬的休息室。
搜查一無所獲。獨自坐在包廂內的廖云山看著手中的那份密令，告訴肖鵬，儲漢君是當今國內最知名的法學家，民生黨主席，是在國共之間保持中立的第三勢力的代表人物，也是國共雙方都極力爭取的關鍵人物。如今離中共召開新政協會議只有99天，這個人，無論如何不能讓共產黨帶走。
天亮了，肖昆突然布置賈程程去密室等待接報，明確告訴賈程程，火車到達上海之前一小時收不到接站電報，將取消接頭。顯然，事先肖昆并沒把這個秘密指令告訴賈程程。賈程程雖然對肖昆嚴密的籌算很佩服。賈程程剛從店里出去，緊急搜捕開始了。
軍用車急煞在剛開張的各家店鋪門前，王雙全慌里慌張地跑進來通報消息。千鈞一發之時，何三順出現了，他帶來了徐杰生簽發的特別通行證，肖昆的判斷是正確的。火車上，肖鵬布置車站抓捕303的各種細節，按照肖鵬的布置，一輛臨時加車沒按時到站，車站上的候車人上不了車，一時人聲鼎沸，亂哄哄嚷成一團。
特務們夾雜在人群里，等待從武漢來的火車進站。賈程程坐在電臺前專注等待著，拿到特別通行證的肖昆趕到，見仍然沒有任何消息，肖昆的眉頭皺起來。火車上，一時一刻沒有放棄思索的肖鵬從阿冬腰帶里搜出行李車鑰匙，終于在行李車找到了阿冬藏匿的發報機。
肖鵬馬上把陳安押到發報機前，就在肖昆準備放棄接報的時候，賈程程收到了陳安發射的電波……陳安放下發報耳機，肖鵬冷靜地威脅陳安，如果跟303接不上頭，你會死得很慘。肖昆和賈程程馬上去車站發貨并同時接人，貨發的很順利，陳安所乘的列車也如期進站。
看著列車緩緩進站，看著站臺上亂哄哄的人群，肖昆突然有了種不詳預感。他正緊張地思索，紛亂的人群里，賈程程卻一眼看見手拿接頭暗號的陳安從車廂走下來，沒待肖昆阻止，賈程程已快步向陳安走去……
